Localização
Bonito está localizado sobre o Planalto da Bodoquena (popularmente conhecido como Serra da Bodoquena) e a Depressão do Miranda, a 350m de altitude do solo.
Clima
Apresenta um clima tropical na faixa dos 32°C. O período das chuvas vai de novembro a abril.
Solo
A cidade está em meio a um dos vales desse planalto, cuja rocha predominante é o calcário. Entre tais rochas, há espaços, dos quais chamamos de grutas ou cavernas. Assim, no Planalto da Bodoquena devem existir mais de cem cavernas. No subsolo do município há rochas que acumulam água, proveniente da chuva, formando assim o lençol freático. A água atravessa rupturas de algumas partes de rochas calcárias, recolhendo seus minerais. Com isso, as águas das nascentes saem ricas em bicabornato de cálcio e magnésio. Apesar disso, as águas continuam incolores.
Esta é uma rocha sedimentar com formação de conchas e algas. Com o tempo endureceu e formou rochas, tendo acontecido entre 500 e 600 milhões de anos. A região já foi um mar, tendo sido chamado de Mar de Corumbá e existiu na época da formação de calcário, mas depois de muitos terremotos e movimentações de placas tectônicas acabou provocando um choque de dois antigos continentes e por fim o fechameto do provável mar. Ao longo dos anos, em função das movimentações tectônicas criou-se a Cordilheira dos Andes e depois a formação do Planalto da Bodoquena. Com águas ricas em minerais (bicarbonato de cálcio e bicarbonato de magnésio), provenientes do calcário, sendo uma rocha abundante na região.
As cavernas em Bonito são úmidas, sendo que algumas possuem lagos em seu interior. Há também formas curiosas que descem dos tetos das mesmas, assim como outras formas nas partes de baixo. Em geral são escuras, sendo a casa de pequenos seres, dentre eles, os morcegos, que possuem um papel fundamental na disseminação de sementes, assim como um transportador de alimento para dentro das cavernas, proporcionando o início da cadeia alimentar nas mesmas. Entrar em uma caverna se torna um obstáculo pois elas não foram feitas para a ocupação humana, mas algumas possuem acesso fácil. Mesmo assim caminhar dentro de uma caverna popr só e sem um guia pode acarretar danos no interior das cavernas. Detalhe: as cavernas são de propriedade federal.
Hidrografia
Os rios da região tem origem em rochas calcáreas. Em Bonito os rios possuem características peculiares: são rios transparentes. E essa transparência impressiona os visitantes. Muitas pessoas atribuem isso a conservação ambiental proveniente da pouca ocupação humana. Mas o motivo real para os rios locais terem águas cristalinas está na geologia: na região há muitas rochas, principálmente o calcário, cuja procedência vem do fundo do mar. Os principais rios são: Formoso, Prata, Perdido, Mimoso, Peixe, Ahumas, Olaria e Miranda.
Nas regiões mais montanhosas de Bonito, estas águas vão descendo pelos morros. Ao encontrarem algum obstáculo, o cálcio que estava na água precipita. Pouco a pouco se forma uma queda e, em alguns anos, temos uma cachoeira. Bonito possui cachoeiras com características peculiares: são cachoeiras de tamanho reduzido, com volume de água também reduzido. Há momentos em que essas cachoeiras aumentam de tamanho. Outra peculiaridade, além de cachoeiras, são as plantas que crescem sobre elas. O que faz o visitante ter a impressão que as cachoeiras estão vivas.
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